Формулировка "Длинные слова ... отличаются всего лишь двумя символами" вызывает серьёзные сомнения. 1) С точки зрения лингвистики описание двух точек над "ё", как двух символов, является более чем спорным (<a href='ссылка target='blank' class='highlighted_link' rel='nofollow' title='ссылка). Наиболее близким термином из лингвистики, по всей видимости, является термин "диакритические знаки" (<a href='ссылка target='blank' class='highlighted_link' rel='nofollow' title='ссылка). 2) С точки зрения компьютерного представления две точки над "ё" абсолютно точно не являются двумя символами. В Unicode допускается кодирование "ё" как одного символа (U+0451) или как двух (&#776;U+0435 U+0308), но не существует кодирования в виде трёх символов. <a href='ссылка target='blank' class='highlighted_link' rel='nofollow' title='ссылка В процессе обсуждение командой на площадке была абсолютно точно озвучена авторская версия, но в процессе обсуждения она была справедливо отметена именно из-за несоответствия форме вопроса. Учитывая, что ничего не мешало автору сформулировать вопрос однозначно корректно (например, "слова отличаются одной буквой"), не запутывая команды нестандартной и не вполне корректной формой, считаю вопрос заслуживающим снятия.

Обособление элементов буквы и замена их посторонними элементами - обычное дело в вопросах ЧГК. См. например, вопрос, где палочка буквы W заменена стрелкой компаса: ссылка. В частности, в вопросах ЧГК автор может рассматривать точку отдельно от буквы "ё" (как это сделано в апеллируемом вопросе): ссылка, или может обозначить ее как "кружок": ссылка, или может вообще слить обе точки в двоеточие: ссылка. Все эти операции, как видно из примеров, соответствуют сложившейся практике обозначений в вопросах ЧГК и являются допустимыми. Таким образом, ничто не мешает автору вопроса посчитать точку над "ё" отдельным символом (а точка как таковая, безусловно, является символом) и использовать в тексте вопроса соответствующее обозначение. Особое мнение Алексея Богословского: С моей точки зрения, автор допустил достаточно существенную вольность, обозначив каждую из точек над буквой Ё как отдельный символ. Тем не менее, в вопросах ЧГК иногда встречается рассмотрение частей букв (типографских символов) в отдельности от всего символа. Поэтому рассмотрение автором точек над Ё как отдельных символов хоть и является натяжкой, но, по моему мнению, эта натяжка не настолько серьезная, чтобы снимать вопрос.