Мы имели в виду распространённый нарицательный смысл:
ссылка
«Летающая крепость» — нарицательное имя, описывающая крупный, многомоторный, хорошо оснащённый оборонительным вооружением летательный аппарат.
Прообразом послужил американский бомбардировщик Второй мировой войны Боинг B-17 «Флаинг Фортресс», в переводе «Летающая крепость». ...
Название закрепилось с появлением следующего самолёта — Боинг B-29 «Суперфортресс» — «Суперкрепость».
В фильме
ссылка
аппарат военных действительно крупный (во многие разы больше немаленького пиратского авианосца), многомоторный (судя по количеству и расположению винтов/пропеллеров), обладает мощщной башенной артиллерией (оружие в том числе и оборонительное), так что вполне может быть назван "летающей крепостью".
Правда, в арсенале военных он только один, тогда как в вопросе - множественное число, но этот недостаток присущ и авторской версии, т.е. должен быть прощен и дуальной, согласно Кодексу ЧГК.
Кроме того, специально пересмотрев фильм Миядзаки
ссылка
мы не заметили на летательном аппарате военных каких-либо носимых "паразитов", т.е. нет оснований считать его авианосцем (возможно, АВ спутал его с летающим авианосцем из арсенала пиратов). Если мы ничего не пропустили, то наша версия даже сильнее авторской.
Что касается остальной части вопроса, то согласно авторскому источнику
ссылка
истребители-паразиты предназначаются в том числе и для "летающих крепостей" - в частности, проекты «Гоблин», «Tom-Tom» (последний предназначен для того самого Boeing B-29 "Superfortress"). Или даже не "в том числе", а исключительно: во всех упомянутых в статье реализованных проектах паразиты-истребители предназначены именно для самолётов, подпадающих под вышеупомянутое определение "летающей крепости" (но это уже неважно).
Просим засчитать наш ответ как соответствующий всем фактам вопроса по меньшей мере не хуже авторского.