Уже даже в а/я статье Википедии прямо указано, что Гаэта́но Барба́ти спустился и начал упорядочивать скелетированные останки.
Then, in 1872, Father Gaetano Barbati had the chaotically buried skeletal remains disinterred and catalogued.
ссылка
Что касается "культа черепов", то его вполне корректно называть культом мертвых и их останков в целом. В той же Википедии говорится, что именно так появился культ почитания ОСТАНКОВ.
A spontaneous cult of devotion to the remains of these unnamed dead developed in Naples.
И еще на тему, что не одними черепами жив неаполитанский культ мертвых:
ссылка
ссылка
"Основой этого культа является уход за костями и черепами покойных..."
ссылка
Ну и да, на кладбище Фонтанелле (из вопроса) есть далеко не только черепа:
ссылка
Как видно, упоминание скелетов в контексте этого культа не является неверным. А само по себе слово "скелет" еще и укладывается в вопросную форму — с одинаковыми гласными. Просим засчитать.